鸿蒙初劈、天地始分的远古，大海里游荡着一条孤独的鱼。
一天，这条鱼在闲游时无意中发现了长江入海口。他觉得这是很好玩的事，江水不断地从这里涌入大海，大海却总不见盈满，而这川流不息日夜奔流的江水是从哪里来的呢？会不会有个源头也像大海一样永不枯竭从不外泄？他决定去看看，顺便排遣一下心头莫名的空虚和孤独。
于是，这条海鱼从长江入海口逆流而上，想弄个究竟。
他不知游了几天几夜，终于在爬过一条水流湍急怪石崚嶒的陡滩之后，筋疲力尽。他坐下来休息时，突然觉得眼前一亮，仿佛发现了世外桃源似的。原来他来到了一个很大很大的湖泊，风和景明，湖面如镜，湖水清冽甘美，岸边芳草萋萋。他正四处张望，却发现湖里有好些鱼在不远处好奇地打量着自己，奇怪的是，这些鱼竟和自己长得很像，就是个头小了些。更让他吃惊的是，这个湖好像在哪里见过一般，好眼熟啊。
他决定放弃他探寻江源的计划，因为这江水简直就没有尽头，路途也实在太艰险，他没理由为一时好奇的冲动再去冒险。他准备在这似曾相识的世外桃源稍作短暂的旅游观光便回去。
他仍然像在大海里一样漫无目的地游荡着，但眼睛里多了一点新鲜感和亲切感。
湖泊里的一条小鱼已经注意这位不速之客好几天了，她奇怪这条逆流而来的鱼怎么和湖里的鱼长得这么像？除了个头大点，鳃特别大以外，其余特征和湖鱼一模一样。大鱼也发现了这条小鱼，双方都碍于互不相识没好意思打招呼。
日子就这样一天一天过着，小鱼看出了大鱼眼睛里淡蓝色的忧郁和孤独，大鱼也觉出了小鱼的美丽和快乐。
大鱼游遍了整个湖泊，曾经闪亮在眼睛里的一点新鲜感也随之消失。
大鱼在准备离开之前，觉得还是应该向这位美丽的小鱼说声再见。他走到小鱼跟前说：“你好，我要走了。”
小鱼好奇地着问：“你好，你从哪里来？要到哪里去啊？”
“我从很远的大海里来，现在要回去了。”
“大海？能给我讲讲大海吗？”小鱼怯怯地问。
“当然可以。”大鱼爽快地答应了。
其实，大鱼也不想走。那个大海尽管是自己的家，可他在那里没有一个朋友甚至看不到一个同类，倒是在这里，有许多看着像自己的鱼，而且还有了一个和自己说话的美丽小鱼，这是一件多么令人高兴的事啊！大鱼很乐意地接受了小鱼的请求，给她讲他熟悉地乏味的海洋，没想到小鱼听得津津有味，一副寻根问底的样子。
渐渐地，他们成了形影不离的朋友。小鱼也给大鱼讲湖里的风土人情，讲她们世世代代生活在湖泊里，从不知道海洋里的事，大鱼也常常听得发愣出神。
随着时间的推移，他们相爱了。
他们真是一对快活的神仙鱼。小鱼总有许多好奇的发问，比如问大鱼怎么不在海洋里生活偏要不辞艰辛地跑到湖里来？问大鱼是怎么穿过湖口那段险滩的？怎么长得和湖鱼那么相像等。大鱼说他来是想看看江水有没有源头，没想到这江水无穷无尽。小鱼说长江的尽头听说在遥远的青藏高原，好远好远，一辈子都走不到的。有些问题大鱼也说不清，只好搪塞过去。他们怡然自得地在湖泊里生活着，除了一个问题，那就是小鱼和大鱼是偷偷在一起生活的。因为湖鱼和海鱼不能结婚，那会遭到全体湖鱼的反对——海鱼对他们来说是异类。
时间一长，大鱼的身体起了变化，先是鱼鳃内部肿胀溃烂起来，紧接着咽喉部位也出现了同样的症状。大鱼明白，这是长期生活在淡水里的结果，他必须回到海洋里去，否则，他会死在这里。可一想要离开心爱的小鱼，离开这世间唯一的知己回到寂寞的大海，大鱼心理就有说不出的难受。他不忍心把这件事告诉小鱼，怕她为自己担心。实在想不出更好的办法，大鱼只好忍受着身体的疼痛。
细心的小鱼觉察出了大鱼几天来的异常，她关切地问大鱼是不是那不舒服，大鱼连忙说没有没有；小鱼又问大鱼是不是想家了，大鱼苦笑了一下说：“你知道我对那个家是一点也不想的。”这下轮到小鱼不舒服了，她觉得大鱼怪怪的，好像有什么心事瞒着自己，索性赌气不理大鱼了。大鱼急了，赶紧哄哄小鱼，小鱼才破涕为笑。大鱼根本不想失去他唯一的知音兼爱妻，所以每次他都要哄小鱼高兴的。
情况远比大鱼想象的要糟糕地多，如果再不离开，他很快就会失去生命，就会永远见不到他的小鱼了，怎么办？他必须得走，可怎么对小鱼说呢？他想要偷偷离开小鱼，等身体恢复之后再来看小鱼，可一想他走后小鱼想他了怎么办？他最不愿意看到心爱的小鱼因想他而伤心。辗转了一夜，他想出了一条和小鱼吵架的办法（他们从来没有争吵过），那样小鱼就会以为自己不爱她而不再想他。注意一定，第二天一大早，大鱼便故意找茬和小鱼吵，小鱼从没见过大鱼这个样子，委屈地哭了。大鱼也不去理她，转身就走了。小鱼自小在快乐的湖泊里长大，从没受过这么大的委屈，见大鱼绝情而走，再加上这段时间大鱼的反常，小鱼伤心极了。她觉得大鱼一定是烦自己了，一定是烦湖里的生活了，她越想越伤心，越伤心越觉得自己想法的正确：他天性就是个闲不住的，在海洋里呆烦了出来找乐子，要不怎么从古到今就只有他一条海鱼跑到湖里来？现在又烦湖里的生活了，就找茬和我过不去，既然这样，我何必去挽留这条变心的鱼呢？他又不是大海里唯一的一条鱼！这样一想，小鱼赌气不去找大鱼（她从没找过，但这次有找他的想法）。为了消减心里的愁苦，小鱼又重新回到同伴中间，她想让友情的云南白药医治心灵的创伤。
大鱼并没有马上走，他不放心小鱼。但当他躲在暗处看到小鱼和朋友高兴地在荷叶间嬉戏游玩时，他的心头还是受到了重重的一击。他没有想到小鱼会这么快就忘了他，这让他震惊更让他心碎，看来，世间的一切都是假的，包括这至真至纯的爱情！大鱼伤心至极，但终于在隐隐的心痛中找出了一丝自慰：“我不是希望小鱼忘掉自己吗？不是希望她过得好吗？这不正好！”
大鱼带着满身的伤痛重新回到了大海，在治病的日子里，他努力不去想小鱼，但小鱼的影子从来没有被他赶走过，尤其随着身体的日渐康复，他想小鱼的念头一天比一天强烈。他想小鱼现在过得好不好，想小鱼想没想过他，他想小鱼单纯的话语，想小鱼孩子般